Wydział Humanistyczny ma prawo nadawania stopnia doktora habilitowanego nauk humanistycznych w zakresie historii oraz doktora nauk humanistycznych w zakresie: historii, językoznawstwa, literaturoznawstwa i nauk o polityce. Liczba posiadanych przez Wydział uprawnień do nadawania stopni naukowych pozwala mówić, że stanowi on dziś ponad połowę potencjału naukowego Uniwersytetu.
Na Wydziale działają 4 instytuty i 2 katedry.
Instytut Historii i Stosunków Międzynarodowych. Pracownicy prowadzą badania dotyczące regionu kujawsko-pomorskiego, Polski, społeczeństwa polskiego w dobie przemian politycznych i gospodarczych oraz polonii. Szczególne miejsce w tych badaniach zajmują stosunki polsko-niemieckie (dzieje państwa krzyżackiego w Prusach, relacje polsko-niemieckie na Pomorzu), tzw. problematyka wschodnia (dzieje polskich kresów wschodnich, sowietyzacja kresów), parlamentaryzm polski, sądownictwo specjalne i procesy po II wojnie światowej. Ważny nurt stanowią także badania dziejów papiestwa.
Instytut Nauk Politycznych. Pracownicy mają w dorobku badania naukowe w zakresie polskiej myśli politycznej, teorii polityki, partii politycznych, stosunków międzynarodowych, bezpieczeństwa międzynarodowego, zrównoważonego rozwoju i polityki ekologicznej, komunikacji społecznej. Podejmują zagadnienia ideologii społecznych (liberalizm, ekologizm) oraz globalizacji. Instytut wydaje pismo naukowe "Świat Idei i Polityki".
Instytut Filologii Polskiej. Pracownicy prowadzą badania w zakresie historii języka polskiego, współczesnej polszczyzny ogólnej i jej odmian, dialektologii (w tym – dialektu kociewskiego) oraz historii literatury polskiej (od średniowiecza po współczesność), a także wiedzy o teatrze i filmie. W obszarach językoznawczym i historycznoliterackim wyodrębniają się pola o istotnej wadze naukowej, jak np.: składnia i semantyka, onomastyka, wartościowanie w języku, reklama, dyskurs, polszczyzna kresowa, polszczyzna bydgoszczan, związki literatury ze sztuką i filozofią, wyobraźnia młodopolska, realizm socjalistyczny, literaturoznawstwo porównawcze. W Instytucie wydawane są dwa czasopisma: "Blok" i "Linguistica Bidgostiana".
Instytut Neofilologii i Lingwistyki Stosowanej. Pracownicy prowadzą prace na obszarze językoznawstwa, historii literatury oraz kultury rosyjskiej i anglojęzycznej. W dziedzinie lingwistyki są to badania nad gramatyką kontrastywną i teorią przekładu (w tym – najnowszymi tendencjami w nauczaniu języków obcych), oraz w zakresie onomastyki wschodniosłowiańskiej ze szczególnym uwzględnieniem nazewnictwa miejscowego obszarów pogranicza językowego. Nowatorskie są też osiągnięcia badawcze zespołu zajmującego się stanem współczesnej polszczyzny północnokresowej. W dziedzinie literatury prowadzone są badania nad literaturą staroruską, literaturą rosyjską przełomu XIX i XX wieku, XX-wieczną, a także rosyjską literaturą emigracyjną (trzy fale uchodźstwa), jak również nad rosyjską myślą filozoficzną, polityczną i religijną. Inny obszar badań to anglojęzyczna literatura Ameryki, Kanady i Indii. W katedrze Filologii Angielskiej (we współpracy z Instytutem Filologii Polskiej) wydawane jest czasopismo „Lingustics Applied”.
Badania naukowe pracowników Katedry Germanistyki koncentrują się wokół następujących zagadnień: w zakresie literaturoznawstwa i kulturoznawstwa są to: problematyka płci w literaturze niemieckojęzycznej, dekonstrukcja w literaturoznawstwie, współczesny dramat i proza niemieckojęzyczna, niemiecka literatura chrześcijańska i żydowska, literatura i kultura niemieckojęzyczna tzw. Prowincji Poznańskiej, problematyka społeczno-polityczna współczesnych Niemiec; w zakresie językoznawstwa są to: problemy współczesnej semantyki (w tym semantyki symulatywnej), sposoby wyrażania emocji w kontekście pragmalingwistycznym, użycie jednostek idiomatycznych w tekstach prasowych, frazeologia w ujęciu kontrastywnym oraz formalny opis języka niemieckiego z zastosowaniem formalizmów opartych na unifikacji.
Badania naukowe pracowników Katedry Dziennikarstwa i Komunikacji Społecznej koncentrują się wokół zagadnień takich jak: związki języka z myśleniem i działaniem, konwencjonalność i semiotyczność języka, język w przestrzeni kulturowej, język w interakcji oraz zakłócenia w komunikacji językowej. Badacze z Katedry prowadzą prace nad językiem polityki, językiem ideologii, językiem uczuć i wartości w różnych odmianach języka. Pracownicy wchodzą w skład zespołu badawczego, pracującego nad koncepcją gramatyki komunikacyjnej, zapoczątkowanej przez prof. Aleksego Awdiejewa i kontynuowanej przez zespoły badawcze Uniwersytetu Jagiellońskiego (pod kierunkiem prof. A. Awdiejewa), Uniwersytetu Łódzkiego (pod kierunkiem prof. G. Habrajskiej) i Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego (pod kierunkiem prof. E. Laskowskiej).