Uniwersytet Kazimierza Wielkiego oficjalnie narodził się w 2005 roku, ale historia bydgoskiej uczelni i starania o dołączenie do grupy elitarnych uniwersytetów szerokoprofilowych jest o wiele dłuższa. Znaczącym sygnałem do działania na rzecz utworzenia uniwersytetu nad Brdą był rok 1996 rok, który Rada Miasta Bydgoszczy ogłosiła Uniwersytetu Bydgoskiego.

To był sygnał do wielkiej motywacji bydgoskiego środowiska naukowego, ale i całego społeczeństwa na rzecz lobbowania za zmianą statusu Wyższej Szkoły Pedagogicznej. Chociaż należy nadmienić, że w latach 90. istniała jeszcze koncepcja konsolidacji bydgoskich szkół wyższych. Upadła ona ostatecznie w 2004 roku z powodu braku porozumienia. Wówczas też zaniechano skupienia się na nazwie Uniwersytetu Bydgoskiego – z powodu braku jedności i nieszczęśliwego skrótu.

Przekształcenie w 2000 roku WSP w Akademię Bydgoską im. Kazimierza Wielkiego było już tylko stanem przejściowym. Uczelnia otrzymała wówczas imię władcy Polski, który jest mocno zakorzeniony w historii Bydgoszczy i idea ta została utrzymana przy powołaniu do życia UKW w 2005 roku.

1 września 2005 zaczęła się dalsza reorganizacja uczelni. UKW został najmłodszym i najmniejszym uniwersytetem w Polsce, a Bydgoszcz dołączyła w końcu do grona miast uniwersyteckich.

W 2005 r. pierwszym rektorem nowo powołanego Uniwersytetu Kazimierza Wielkiego został prof. dr hab. inż. Józef Kubik.
W publikacji Dobra Dekada 2000-2010, Bydgoszcz 2012 przytoczono przemówienie Prezydenta RP Aleksandra Kwaśniewskiego: - To dla mnie osobiście naprawdę wielka radość i honor, że mogę podpisywać ustawy, które tworzą rzeczy piękne i wartościowe, i które - jestem przekonany - będą budować dobrą przyszłość zarówno uczelni, jak i całego środowiska akademickiego i studenckiego Bydgoszczy, a także będą ważne dla regionu i Polski. Jednocześnie zwracając się do władz uczelni, podkreślił: - Przed Wami, Drodzy Państwo, wielkie zadanie: stworzyć w Bydgoszczy prężny ośrodek uniwersytecki na wysokim poziomie.

Młoda uczelnia stanęła w obliczu nowych wyzwań i zadań, związanych m.in.: z wejściem w życie nowej ustawy o szkolnictwie wyższym. Dawała ona tylko pięć lat na osiągnięcie pułapu dwunastu uprawnień do doktoryzowania w określonych dziedzinach. UKW legitymował się wtedy siedmioma uprawnieniami, z czego tylko sześć mogło być ustawowo uznanych. Po krótkim czasie euforii przyszedł czas na intensywne działanie. Przed władzami uczelni stało kilka poważnych zagadnień. Należało do nich wzmocnienie kadry naukowo-dydaktycznej, rozszerzenie bazy lokalowej, zintensyfikowanie udziału Uniwersytetu w projektach unijnych, wreszcie - uzyskiwanie przez Wydziały kolejnych uprawnień do nadawania stopnia doktora.

Jednym z ważniejszych wyzwań jakie stały przed Uniwersytetem Kazimierza Wielkiego od początku jego istnienia był rozwój infrastruktury materialnej, zarówno w obszarze bazy dydaktycznej jak i socjalnej. Dużą uwagę poświęcono także rozwojowi potencjału kadry, dlatego położono duzy nacisk na uczestnictwo pracowników w szkoleniach, projektach badawczych, współpracę z jednostkami polskimi i zagranicznymi.

27 marca 2007 roku został powołany Kazimierzowski Uniwersytet Trzeciego Wieku, którego pierwszym przewodniczącym został prof. Roman Ossowski. Uniwersytet ten jest prężnie działającą jednostką, seniorzy uczestniczą w zajęciach, kursach i projektach.

Uczelnia jest również patronem międzynarodowej szkoły, która rozpoczęła działaność 2 marca 2009 r. Zespół Szkół Ogólnokształcących UKW International School of Bydgoszcz (wszystkie poziomy nauczania), jest przeznaczona głównie dla dzieci oficerów NATO stacjonujących w mieście. W UKW działają także Centrum Nauczania Języka Polskiego dla Obcokrajowców, Centrum Komunikacji Klinicznej oraz Centrum Transferu Technologii i Innowacji.

Na przestrzeni ostatnich kilkunastu lat znacznie wzbogaciła się oferta edukacyjna uczelni, którą tworzą róznorodne kierunki, w tym autorskie i unikalne. Dziś tworzy ją ponad 50 kierunków studiów, realizowanych na trzech poziomach kształcenia: studiów licencjackich i inżynierskich (I stopnia), studiów magisterskich uzupełniających (II stopnia) oraz studiów doktoranckich (III stopnia). Uniwersytet prowadzi również kilkadziesiąt studiów podyplomowych, poszerzających kwalifikacje i nadających nowe uprawnienia.

Rektorem UKW w 2012 r. został prof. dr hab. Janusz Ostoja-Zagórski i pełnił tę funkcję do sierpnia 2016 r. Jego następcą został prof. dr hab. Jacek Woźny, który kierował uczelnią przez dwie kadencję 2016 - 2020 i 2020 - 2024.

Na uczelni następowały również zmiany organizacyjne m.in.: utworzenie Wydziału Administracji i Nauk Społecznych (2009 r.), Wydziału Kultury Fizycznej Zdrowia i Turystyki (2011 r.), Wydziału Edukacji Muzycznej (2015 r.). Znaczący był tutaj rok 2019, kiedy została zbudowana zupełnie nowa struktura, bazująca na 19 jednostkach naukowo-dydaktycznych.